作为东京峰会召开地的东京湾新设施“海洋边缘”。在峰会召开的5月1日有约2万名警察出动的这一超巨大设施，发生了大规模爆炸案！那里，有隶属于暗中掌控全国公安警察、俗称为“零”的警察厅秘密组织的安室透的身影。秘密暗中出动的安室的神秘行动令柯南不禁感到蹊跷。

根据现场留下的作为证据的指纹，犯人被断定为曾在警视厅就职的毛利小五郎！与安室围绕小五郎的逮捕开始敌对的柯南听说了过去安室曾将嫌疑人逼至自杀的奇妙案件。随后在决定起诉小五郎的那时，在戒备森严的东京都内，同时爆发了多起难以理解的恐袭！

柯南和公安警察正接近着隐藏在案件后的阴谋，峰会召开那天也被确定是大型无人探测器“天鹅”完成在火星的任务返回地球的日子。究竟，迫近的X日会发生什么？神秘的存在——安室透，究竟是敌人，还是伙伴？