飛行するシェルター『イクシア』
は、異星勢力ドラクターへの反撃のため、
伝説の地『サンクチュアリ』を目指す。
一方、シェルターに入れなかった人々は、地上の集落『ソロン』で生きていた。
そこで、アーシェムは苦境に負けず強く生きる人々に出会い、
二つの星をひとつにするという希望に向かって動き始める…。
地球人と異星人、ひとりひとりの想いが交錯し、
新たな出会いと別れを経て、この世界の全貌が明らかになっていく。
ドラクター内で起きた革命による、新たな波乱の幕開け。
そして、シェルターイクシアを待ち受ける現実…。
更に巨大にて強大な敵を前に、ローグもまた進化を遂げる。